Lundi 28 février 2005, de 9h 00 à 12h 00

dans la salle des colloques du CNRS, Délégation Languedoc-Roussillon, 1919 route de Mende, Montpellier

Plan d'accès

 9h00-10h15 : Jean-Pierre Mazat, Université Bordeaux 2

Le réseau métabolique mitochondrial : aspects théoriques, expérimentaux et pathologiques

Les mitochondries sont d'anciennes bactéries qui ont conservé de leur passé un métabolisme important et original, un ADN et de manière général une forte autonomie par rapport à la cellules avec laquelle elles vivent en symbiose ("indépendance dans l'interdépendance" !). Tout cela justifie que l'on envisage la modélisation de leur métabolisme de manière indépendante du métabolisme cellulaire dans sa globalité. On cherchera en particulier à rendre compte des données expérimentales du laboratoire qui font apparaître un effet de seuil dans l'expression des déficits des différentes étapes du réseau. Ce phénomène général dont on peut rendre compte sur les bases de la théorie du contrôle du métabolisme permet une première explication des différences fonctionnelles des mitochondries dans différents tissus ou organismes et de l'expression tissulaire différente des pathologies mitochondriales. La recherche des modes élémentaires du réseau métabolique mitochondrial nous a semblé être une autre approche de l'étude des différences fonctionnelles des mitochondries. Malheureusement le nombre important de tels modes élémentaires (plus de 400 000) rend leur comparaison et les prédictions difficiles.

 10h15-10h45 Pause café (croissants, tartines, discussions, ...)

 10h45-12h00 : Hidde de Jong, INRIA Rhône-Alpes

Modélisation et simulation de réseaux de régulation génique

Une des caractéristiques les plus remarquables de la biologie moléculaire aujourd'hui est la mise à l'échelle génomique de ses méthodes expérimentales. Ces nouvelles méthodes génomiques produisent d'énormes quantités de données sur différents aspects de la cellule. Une grande partie des données expérimentales disponibles aujourd'hui portent sur les réseaux de régulation génique responsables du fonctionnement et du développement des cellules. Outre des méthodes expérimentales à haut débit, des approches mathématiques et informatiques sont indispensables pour analyser ces réseaux composés de gènes, protéines, petites molécules et leurs interactions réciproques. Dans ce séminaire, nous passerons en revue des méthodes de modélisation et de simulation de réseaux de réseaux de régulation génique. Un grand nombre d'approches pour modéliser les réseaux de régulation génique a été proposé dans la littérature, basées sur des formalismes tel que les graphes, les équations booléennes, les équations différentielles et les équations maîtresses stochastiques. Nous restreindrons ici la discussion aux modèles à équations différentielles ordinaires, pour lesquels un grand nombre de techniques puissantes est disponible. Plus précisément, nous comparons les équations différentielles linéaires, non linéaires et linéaires par morceaux, en illustrant l'application de ces modèles avec des exemples concrets de la littérature.