Dans le cadre de leur activité conjointe de formation permanente en bioinformatique, l'université Joseph Fourier, le CEA Grenoble et l'INRIA Rhône-Alpes organisent une session de formation sur :

Gestion et analyse de données génomiques sous Unix

Du lundi 10 janvier au jeudi 13 janvier 2005 inclus, dans les salles d'informatique de l'UFR de biologie, Université Joseph Fourier, Domaine Universitaire de Saint-Martin-d'Hères (Grenoble)

Objectif

Les programmes de recherche en génomique et post-génomique sont à la fois de gros consommateurs et de gros producteurs de données. La manipulation de ces données à l'aide de logiciels classiques de bureautique (typiquement un tableur) est à la fois peu aisée et peu efficace.

Cette formation propose une initiation à l'utilisation du système Unix comme environnement permettant la mise en place de chaînes de traitement automatique de données.

Les matinées des trois premières journées seront consacrées à une série de cours présentant le système Unix et la programmation shell. Les après-midis et la quatrième journée seront consacrés à une série de travaux pratiques permettant la mise en œuvre des connaissances acquises le matin et conduisant à la résolution de problèmes bioinformatiques.

Public

Ingénieurs et chercheurs amenés, au sein des laboratoires publics et des entreprises, à gérer et à analyser des données biologiques : séquences génomiques et leurs annotations, données d'expression, données protéomiques, etc. Aucune connaissance en informatique n'est requise pour suivre cette formation qui s'adresse à un public de biologistes.

Le nombre de participants est limité à 12.

Programme

 Introduction au système Unix. Unix comme système d'exploitation, les différents environnements utilisateurs, le système de fichier, les commandes de bases et l'accès au réseau.

 Les expressions régulières. Elles sont à la base de beaucoup de système de traitement automatique de données sous Unix. Ce cours présentera leur utilisation dans le cadre du traitement des données biologiques.

 Programmation de scripts en C-Shell. Les scripts permettent le lancement automatique d'une série d'analyses. Nous aborderons, entre autres, la notion de variable, le traitement conditionnel et l'accès automatique aux ressources Web.

 Programmation avec Awk. Awk permet, grâce à un modèle de programmation simple, d'écrire rapidement de petits programmes permettant l'extraction automatique de données à partir de fichiers ou le reformatage de fichiers.

Frais d'inscription

Auditeurs du CEA, de l'université Joseph Fourier ou de l'INRIA : 650 €

Auditeurs extérieurs : 1150 €

Renseignements

UJF : Hans Geiselmann

CEA : Yves Vandenbrouck

INRIA : François Rechenmann

Inscriptions

Jean-Gabriel Valay