INSERM - Atelier de formation 152

Génomique comparative des vertébrés : concepts et outils bioinformatiques

Organisateurs : Laurent Duret (UMR CNRS 5558, Université Lyon 1, Lyon), Pierre Pontarotti (Laboratoire de Phylogénomique, Université d'Aix-Marseille, Marseille)

Phase I - Le point sur...

27-28 mai 2004 … La Londe Les Maures (Toulon)

Objectifs

Cet atelier a deux objectifs principaux. Le premier est de faire le point sur les projets de séquençage et sur l'avancement des connaissances quant à l'organisation et l'évolution des génomes de vertébrés. Le deuxième est de donner une introduction aux concepts (évolution moléculaire, génétique des populations) et aux méthodes (bioinformatique) de l'analyse comparative de séquences, pour la recherche de régions fonctionnelles dans les séquences génomiques (régions codantes ou régulatrices) ou pour l'analyse des changements de fonction des gènes (patron d'expression, réseaux d'interaction).

Public

Chercheurs, ingénieurs, doctorants, post-doctorants.

Les présentations seront données en anglais ou en français.

Nombre maximum de participants : 80

Programme

Principaux thèmes traités : Projets génomes de vertébrés. Organisation et évolution des génomes. Duplication de gènes, de génomes. Phylogénie des vertébrés. Evolution de la fonction des gènes (analyse comparative des patrons d'expression, des réseaux d'interaction). Analyse des régions régulatrices, de gènes d'ARN non-traduits. Recherche d'homologues (orthologue, paralogues). Alignement de grandes séquences génomiques. Méthodes de phylogénie moléculaire. Analyse des données de substitution et de polymorphisme pour la mise en évidence de régions fonctionnelles (détection de pressions de sélection négatives ou positives).

Avec la participation de :

Véronique Barriel (Paris, France), Nicolas Galtier (Montpellier, France), Daniel Gautheret (Marseille, France), Manolo Gouy (Lyon, France), Tim Hubbard (Hinxton, UK), Jean Imbert (Marseille, France), Wen-Hsiung Li (Chicago, Etats-Unis), Michael Lynch (Bloomington, Etats-Unis), Adam Eyre-Walker (Brighton, UK), Hugues Roest-Crollius (Evry, France), Erik Sonnhammer (Stockholm, Suède), David Liberles (Bergen, Norway).

Phase II - Maîtrise technique

21-23 juin 2004 … Lyon

Programme

Pratique d'outils bioinformatiques pour l'analyse comparative de séquences : Bases de données (séquences, génomes, polymorphisme). Recherche de similarités de séquences (BLAST, PSI-BLAST), alignement multiple. Alignement de grandes séquences génomiques, comparaisons multiples. Phylogénie (orthologie, paralogie). Analyse des données de substitution (synonymes et non-synonymes) et de polymorphisme.

Sélection

16 stagiaires seront sélectionnés parmi les participants de la phase I pour suivre un cours pratique de 3 jours.

Date limite d'inscription : 26 mars 2004

Renseignements et inscriptions :

Ateliers de formation Inserm

101, rue de Tolbiac

75654 Paris cedex 13

Tel: 01 44 23 62 03

Fax: 01 44 23 62 93

E-mail: ateliers@tolbiac.inserm.fr

Programme:

 Wednesday 26 May

16h-19h Registration

 Thursday 27 May

9h 9h10 Introduction

9h10 10h V Barriel: evolution of vertebrates

10h 10h50 H Roest-Crollius : comparative genomics in vertebrates

10h50 11h20 break

11h20 12h10 T. Hubbard: tools for genome annotation and comparative genomics

12h10 13h40 lunch

13h40 14h30 P. Pontarotti: using amphioxus for the comparative genomics of vertebrates

14h30 15h20 M. Lynch : gene duplication and evolution of gene function

15h20 15h50 break

15h50 16h40 E. Sonnhammer: similarity search; identification of orthologs/paralogs

16h40 17h30 M. Gouy: methods for molecular phylogeny

17h30 18h break

18h 19h open discussion

 Friday 28 May

9h 9h50 J. Imbert: analysis of regulatory elements

9h50 10h40 D. Gautheret: finding non-coding RNA genes

10h40 11h10 break

10h10 12h W.H. Li: inter-species comparison of gene expression profiles

12h 13h30 lunch

13h30 14h20 D. Liberles : detecting adaptive evolution in proteins

14h20 15h10 N. Galtier: methods for detecting selection from DNA sequence data

15h10 15h40 break

15h40 16h30 A. Eyre-Walker : detecting adaptive evolution in primates

16h30 17h open discussion

Atelier de formation INSERM 152

Comparative genomics of vertebrates: concepts and bioinformatic tools

Organizers: Laurent Duret (UMR CNRS 5558, Université Lyon 1, Lyon), Pierre Pontarotti (Laboratoire de Phylogénomique, Université d'Aix-Marseille, Marseille)

Phase I - Critical assessment

May 27-28, 2004 … La Londe Les Maures (Toulon)

Aims

This workshop has two main goals. The first one is to give an overview on genome projects and on recent advancements in the understanding of vertebrate genome organization and evolution. The second one is to give an introduction to the concepts (molecular evolution, population genetics) and methods (bioinformatics) of comparative sequence analysis that have been developed to identify functional features within genomes (not only protein-genes but also untranslated RNAs and regulatory elements) or to analyze changes of gene function (expression pattern, interaction networks, etc.).

Audience

Researchers, engineers, post-docs and PhD students. Talks will be given in English and French.

Maximum number of participants : 80

Programme

Main topics: Vertebrates genome projects. Genome organization and evolution. Gene and genome duplications. Phylogeny of vertebrates. Evolution of gene function (comparative analysis of gene expression patterns, of interaction networks). Analysis of regulatory regions, of untranslated RNA genes; Homology searches (orthologues, paralogues). Alignment of large genomic sequences. Tools for molecular phylogeny; Analysis of substitutions and polymorphism to detect functional regions (detection of negative or positive selective pressures).

With the participation of:

V Barriel (Paris, France), Nicolas Galtier (Montpellier, France), Daniel Gautheret (Marseille, France), Manolo Gouy (Lyon, France), Tim Hubbard (Hinxton, UK), Jean Imbert (Marseille, France), Wen-Hsiung Li (Chicago, USA), Michael Lynch (Bloomington, USA), Adam Eyre-Walker (Brighton, UK), Hugues Roest-Crollius (Evry, France), Erik Sonnhammer (Stockholm, Sweden), David Liberles (Bergen, Norway).

Phase II - Practical course

June 21-23, 2004 … Lyon

Programme

Bioinformatic tools for comparative sequence analysis: databases (sequences, genomes, polymorphism). Similarity searches (BLAST, PSI-BLAST); multiple alignment. Alignment of large genomic sequences. Multiple comparisons. Phylogeny (orthology, paralogy). Analysis of substitutions (synonymous and non-synonymous) and of polymorphism.

Selection

16 people will be selected among the participants of phase I for a practical course lasting 3 days.

Registration deadline: March 26, 2004