Th�me
Le th�me du s�minaire, "R�seaux g�niques et m�taboliques : vers des mod�les int�gr�s", s'inscrit dans la tendance actuelle de chercher � obtenir une vision globale du d�veloppement et du fonctionnement des organismes � travers des mod�les qui int�grent diff�rents aspects de la cellule : r�gulation g�nique, m�tabolisme, transduction des signaux, ... L'objectif du s�minaire est d'explorer diff�rentes approches pour l'�tude int�gr�e des r�seaux g�niques et m�taboliques.
Programme
Une demi-journ�e de s�minaires aura lieu dans le grand amphith��tre de l'INRIA Rh�ne-Alpes le 6 mai. Le lendemain une partie des participants se r�unira dans les locaux de l'INRIA Rh�ne-Alpes pour travailler sur un sujet pr�cis, la biosynth�se de la thr�onine chez Escherichia coli.
6 mai
14h00-14h15 Hidde de Jong (INRIA Rh�ne-Alpes) - Accueil et introduction
14h15-15h15 Athel Cornish-Bowden (CNRS-BIP, Marseille) - Analyse stoechiom�trique du m�tabolisme : un outil puissant pour le dessin des m�dicaments
R�sum� : L'information cin�tiqe disponible actuellement sur les enzymes responsables du m�tabolisme m�me des organismes les plus simples connus est de loin trop maigre pour permettre simuler leur comportement. Un effort exp�rimental consid�rable est en train dans plusieurs laboratoires pour remplir quelques uns des lacunes, mais m�me pour les organismes les plus �tudi�s, comme par exemple la bact�rie Escherichia coli, on doit attendre quelques ann�es avant qu'on n'aura les r�sultats de cet effort. M�me en ce moment l�, il y aura toujours des nombreux organismes importants pour le m�decine ou l'industrie pour lesquels le comportement cin�tique de ses enzymes composantes restent compl�tement non-�tudi�s. Au m�me temps il y a beaucoup d'int�r�t actuel pour extraire telle information du syst�me qu'on peut extraire des maigres donn�es exp�rimentales qu'on dispose. Dans la pratique ceci implique appliquer un analyse stoechiom�trique pour identifier les types de comportement compatibles avec ce qu'on sait des voies m�taboliques qui existent dans divers organismes. Dans ma conf�rence j'utiliserai un exemple tir� du parasite Trypanosoma brucei pour illustrer le type d'information potentiellement outil qu'on peut d�duire d'une information strictement stoechiom�trique.
15h15-15h45 Pause caf�
15h45-16h45 Jean-Philippe Vert (Ecole des Mines, Paris) - Analyse et reconstruction de voies m�taboliques
R�sum� : L'image du transcriptome transmise par les donn�es de puces � ADN fournit des indications sur l'activit� m�tabolique de la cellule, via la r�gulation transcriptionnelle des enzymes permettant d'activer ou d'inhiber diff�rentes voies m�taboliques. Je pr�senterai une m�thode pour extraire automatiquement de l'information sur le m�tabolisme � partir de donn�es de puces, via la comparaison des donn�es d'expression avec une base de donn�es de voies m�taboliques connues. Je proposerai ensuite une m�thode pour reconstruire ou corriger des voies m�taboliques par l'int�gration de donn�es d'expression et d'autres donn�es g�nomiques et prot�omiques. Ces m�thodes seront illustr�es par l'analyse de donn�es de levures.
16h45-17h45 Julien Gagneur (CellZome, Heidelberg) - Etudier le m�tabolisme a l'�quilibre : une approche par contraintes
R�sum� : Nous pr�sentons un ensemble d'approches pour l'analyse structurelle du m�tabolisme nomm�es Flux Balance Analysis, Metabolic Flux Analysis et Metabolic Pathway Analysis dans la litt�rature anglo-saxonne. Ces approches ont en commun d'adopter l'hypoth�se quasi-stationnaire et l'irr�versibilit� de certaines r�actions comme contraintes principales du m�tabolisme. Nous montrons ce que ces approches permettent de d'�crire et � quel point elles peuvent �tre appliqu�es sur de grands syst�mes. En fin d'expos�, nous repla�ons l'analyse structurelle du m�tabolisme dans le contexte de la mod�lisation de la r�gulation g�nique et du m�tabolisme. Nous proposons alors quelques pistes pour l'interaction entre - sinon l'int�gration de - ces approches.
Note : Julien Gagneur remercie Steffen Klamt pour ses conseils durant la pr�paration de cette pr�sentation et Athel Cornish-Bowden pour lui avoir pr�cis� la notion d'�tat stationnaire lors de la rencontre.
7 mai
9h00-9h30 Delphine Ropers (INRIA Rh�ne-Alpes) - Introduction � la biosynth�se de la thr�onine
9h30-16h30 Discussions
Venir � l'INRIA
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Organisation
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