Dans le cadre de leur activit� conjointe de formation permanente en bioinformatique, l'universit� Joseph Fourier, le CEA Grenoble et l'INRIA Rh�ne-Alpes organisent une session de formation sur :

Gestion et analyse de donn�es g�nomiques sous Unix

Du lundi 8 au vendredi 12 janvier 2007 inclus, dans les salles d'informatique de l'UFR de biologie, Universit� Joseph Fourier, Domaine Universitaire de Saint-Martin-d'H�res (Grenoble)

Objectif

Les programmes de recherche en g�nomique et post-g�nomique sont � la fois de gros consommateurs et de gros producteurs de donn�es. La manipulation de ces donn�es � l'aide de logiciels classiques de bureautique (typiquement un tableur) est � la fois peu ais�e et peu efficace.

Cette formation propose une initiation � l'utilisation du syst�me Unix et au langage Python afin de permettre la mise en place de cha�nes de traitement automatique de donn�es.

Les matin�es seront consacr�es � une s�rie de cours pr�sentant le syst�me Unix et la programmation en Python. Les apr�s-midis seront consacr�s � une s�rie de travaux pratiques permettant la mise en �uvre des connaissances acquises le matin et conduisant � la r�solution de probl�mes bioinformatiques.

Public

Ing�nieurs et chercheurs amen�s, au sein des laboratoires publics et des entreprises, � g�rer et � analyser des donn�es biologiques : s�quences g�nomiques et leurs annotations, donn�es d'expression, donn�es prot�omiques, etc. Aucune connaissance en informatique n'est requise pour suivre cette formation qui s'adresse � un public de biologistes.

Le nombre de participants est limit� � 12.

Programme

 Introduction au syst�me Unix. Unix comme syst�me d'exploitation, les diff�rents environnements utilisateurs, le syst�me de fichier, les commandes de bases et l'acc�s au r�seau.

 Les expressions r�guli�res. Elles sont � la base de beaucoup de syst�me de traitement automatique de donn�es sous Unix. Ce cours pr�sentera leur utilisation dans le cadre du traitement des donn�es biologiques.

 Programmation de scripts en Python. Ce langage de programmation, simple � appr�hender, permet d'�crire rapidement de petits programmes permettant l'extraction automatique de donn�es � partir de fichiers ou le reformatage de fichiers. Il permet aussi de programmer le lancement automatique d'une s�rie d'analyses utile � la mise en place d'une chaine de traitement des donn�es. Nous aborderons, entre autres, la notion de variable, le traitement conditionnel et l'acc�s automatique aux ressources Web.

Frais d'inscription

Auditeurs du CEA, de l'universit� Joseph Fourier ou de l'INRIA : 800 �

Auditeurs ext�rieurs : 1300 �

Renseignements et inscriptions

Eric Coissac