Dans le cadre de leur activité conjointe de formation permanente en bioinformatique, l'université Joseph Fourier, le CEA Grenoble et l'INRIA Rhône-Alpes organisent une session de formation sur :

Gestion et analyse de données génomiques sous Unix

Du lundi 8 au vendredi 12 janvier 2007 inclus, dans les salles d'informatique de l'UFR de biologie, Université Joseph Fourier, Domaine Universitaire de Saint-Martin-d'Hères (Grenoble)

Objectif

Les programmes de recherche en génomique et post-génomique sont à la fois de gros consommateurs et de gros producteurs de données. La manipulation de ces données à l'aide de logiciels classiques de bureautique (typiquement un tableur) est à la fois peu aisée et peu efficace.

Cette formation propose une initiation à l'utilisation du système Unix et au langage Python afin de permettre la mise en place de chaînes de traitement automatique de données.

Les matinées seront consacrées à une série de cours présentant le système Unix et la programmation en Python. Les après-midis seront consacrés à une série de travaux pratiques permettant la mise en œuvre des connaissances acquises le matin et conduisant à la résolution de problèmes bioinformatiques.

Public

Ingénieurs et chercheurs amenés, au sein des laboratoires publics et des entreprises, à gérer et à analyser des données biologiques : séquences génomiques et leurs annotations, données d'expression, données protéomiques, etc. Aucune connaissance en informatique n'est requise pour suivre cette formation qui s'adresse à un public de biologistes.

Le nombre de participants est limité à 12.

Programme

 Introduction au système Unix. Unix comme système d'exploitation, les différents environnements utilisateurs, le système de fichier, les commandes de bases et l'accès au réseau.

 Les expressions régulières. Elles sont à la base de beaucoup de système de traitement automatique de données sous Unix. Ce cours présentera leur utilisation dans le cadre du traitement des données biologiques.

 Programmation de scripts en Python. Ce langage de programmation, simple à appréhender, permet d'écrire rapidement de petits programmes permettant l'extraction automatique de données à partir de fichiers ou le reformatage de fichiers. Il permet aussi de programmer le lancement automatique d'une série d'analyses utile à la mise en place d'une chaine de traitement des données. Nous aborderons, entre autres, la notion de variable, le traitement conditionnel et l'accès automatique aux ressources Web.

Frais d'inscription

Auditeurs du CEA, de l'université Joseph Fourier ou de l'INRIA : 800 €

Auditeurs extérieurs : 1300 €

Renseignements et inscriptions

Eric Coissac