Dans le cadre de leur activit� conjointe de formation permanente en bioinformatique, l'universit� Joseph Fourier, le CEA Grenoble et l'INRIA Rh�ne-Alpes organisent une session de formation sur :

Analyse de s�quences biologiques

Du lundi 21 au vendredi 25 mai 2007 inclus, dans les salles d'informatique de l'UFR de biologie, Universit� Joseph Fourier, Domaine Universitaire de Saint-Martin-d'H�res (Grenoble)

Objectif

L'objectif de cette session est de permettre d'utiliser de fa�on pertinente et efficace les outils fondamentaux d'analyse de s�quences biologiques, dans un environnement de type Unix. Cet environnement pr�sente l'avantage d�terminant d'offrir des primitives puissantes de manipulation de fichiers et de permettre la programmation simple d'encha�nements de m�thodes (sous la forme de scripts).

Public

Ing�nieurs et chercheurs amen�s, au sein des laboratoires publics et des entreprises, � g�rer et � analyser des s�quences g�nomiques ou prot�iques. Aucune connaissance en informatique n'est requise pour suivre cette formation qui s'adresse � un public de biologistes.

Le nombre de participants est limit� � 12.

Programme

La formation se d�roule sur 5 jours, du lundi au vendredi. Les matin�es (3 heures) sont consacr�es aux cours, les apr�s-midi aux travaux pratiques sur les postes de travail informatiques.

Le � fil rouge � de ces travaux pratiques est la g�nomique comparative, plus pr�cis�ment l'analyse de synth�nies entre esp�ces bact�riennes.

Lundi 21 mai

Initiation au syst�me Unix. Les expressions r�guli�res

TP - Application des concepts Unix � la manipulation des fichiers de s�quences

Mardi 22 mai

Recherche de signaux dans les s�quences d'acides nucl�iques et dans les prot�ines. Recherche de g�nes chez les bact�ries

TP - G�nomique comparative : analyse de la synt�nie entre esp�ces bact�riennes. Premier jour : identification des g�nes

Mercredi 23 mai

Alignement de s�quences, notions de score, matrice de similarit�, programmation dynamique

TP - G�nomique comparative : analyse de la synt�nie entre esp�ces bact�riennes. Deuxi�me jour : recherche des groupes de g�nes homologues

Jeudi 24 mai

Recherche de similarit�s locales : les heuristiques Blast et Fasta. Pr�sentation des banques et bases de donn�es biologiques

TP - G�nomique comparative : analyse de la synt�nie entre esp�ces bact�riennes. Troisi�me jour : mise en �vidence des synt�nies

Vendredi 25 mai

Recherche de g�nes chez les eucaryotes : approches ab initio et par similarit� de s�quences

Atelier/discussion autour des probl�matiques des auditeurs

Frais d'inscription

Auditeurs du CEA, de l'universit� Joseph Fourier ou de l'INRIA : 800 �

Auditeurs ext�rieurs : 1300 �

Renseignements et inscriptions

Eric Coissac