Dans le cadre de leur activité conjointe de formation permanente en bioinformatique, l'université Joseph Fourier, le CEA Grenoble et l'INRIA Rhône-Alpes organisent une session de formation sur :

Analyse de séquences biologiques

Du lundi 21 au vendredi 25 mai 2007 inclus, dans les salles d'informatique de l'UFR de biologie, Université Joseph Fourier, Domaine Universitaire de Saint-Martin-d'Hères (Grenoble)

Objectif

L'objectif de cette session est de permettre d'utiliser de façon pertinente et efficace les outils fondamentaux d'analyse de séquences biologiques, dans un environnement de type Unix. Cet environnement présente l'avantage déterminant d'offrir des primitives puissantes de manipulation de fichiers et de permettre la programmation simple d'enchaînements de méthodes (sous la forme de scripts).

Public

Ingénieurs et chercheurs amenés, au sein des laboratoires publics et des entreprises, à gérer et à analyser des séquences génomiques ou protéiques. Aucune connaissance en informatique n'est requise pour suivre cette formation qui s'adresse à un public de biologistes.

Le nombre de participants est limité à 12.

Programme

La formation se déroule sur 5 jours, du lundi au vendredi. Les matinées (3 heures) sont consacrées aux cours, les après-midi aux travaux pratiques sur les postes de travail informatiques.

Le « fil rouge » de ces travaux pratiques est la génomique comparative, plus précisément l'analyse de synthénies entre espèces bactériennes.

Lundi 21 mai

Initiation au système Unix. Les expressions régulières

TP - Application des concepts Unix à la manipulation des fichiers de séquences

Mardi 22 mai

Recherche de signaux dans les séquences d'acides nucléiques et dans les protéines. Recherche de gènes chez les bactéries

TP - Génomique comparative : analyse de la synténie entre espèces bactériennes. Premier jour : identification des gènes

Mercredi 23 mai

Alignement de séquences, notions de score, matrice de similarité, programmation dynamique

TP - Génomique comparative : analyse de la synténie entre espèces bactériennes. Deuxième jour : recherche des groupes de gènes homologues

Jeudi 24 mai

Recherche de similarités locales : les heuristiques Blast et Fasta. Présentation des banques et bases de données biologiques

TP - Génomique comparative : analyse de la synténie entre espèces bactériennes. Troisième jour : mise en évidence des synténies

Vendredi 25 mai

Recherche de gènes chez les eucaryotes : approches ab initio et par similarité de séquences

Atelier/discussion autour des problématiques des auditeurs

Frais d'inscription

Auditeurs du CEA, de l'université Joseph Fourier ou de l'INRIA : 800 €

Auditeurs extérieurs : 1300 €

Renseignements et inscriptions

Eric Coissac