Vendredi 19 septembre 2003 à 9h 30

Amphithéâtre du CNRS ; 2 avenue Albert Einstein ; Villeurbanne (Lyon)

Représentation des connaissances sur les éléments transposables (ET) des génomes eucaryotes. Analyse de la distribution des ET chez Drosophila melanogaster et Caenorhabditis elegans

Carène Rizzon, UMR 5558 "Biométrie, Biologie Evolutive"

Directeurs de thèse : Christian Biémont et Manolo Gouy

Résumé :

Le séquençage des grands génomes eucaryotes fournit l'opportunité de mieux comprendre la nature des éléments transposables (ET). L'exploitation efficace des données de ces séquençages est bridée par le manque d'outil informatique adapté. Afin de pallier ces déficiences, nous avons représenté les connaissances sur les ET abordables via les séquences des génomes (aspects structurel, dynamique et évolutif), avec le modèle GATE (Genome Analysis for Transposable Elements), de type objet-association. L'implémentation de GATE avec le système de représentation des connaissances AROM et les données du génome de Drosophila melanogaster constitue la base de connaissances FlyGATE. Parallèlement, nous avons recherché les liens entre la distribution des ET et le taux de recombinaison le long des chromosomes de Drosophila melanogaster et de Caenorhabditis elegans, avec l'objectif de mieux comprendre les forces évolutives impliquées dans la dynamique des ET dans ces génomes.

Abstract:

Large eucaryotic genome sequences provides the opportunity to better understand the nature of transposable elements (TE). However, the lack of adapted tool limits the effectiveness of the exploitation of these data. We have represented the knowledge on TEs accessible via the sequences of the genomes (the structural, dynamic and evolutionary aspects) with the GATE model (Genome Analysis for Transposable Elements), of object-association type, to mitigate these deficiencies. The implementation of GATE with the AROM knowledge representation system and the Drosophila melanogaster genome data constitutes the FlyGATE knowledge base. In parallel, we studied the relationships between the TE distribution and the recombination rate along the chromosomes of Drosophila melanogaster and Caenorhabditis elegans to better understand the evolutionary forces which are implied in the dynamic of TEs in these genomes.