Pour comparer deux séquences génétiques et évaluer leur proximité, il suffit de les placer l'une en dessous de l'autre et d'observer leurs similarités. Mais bien les aligner n'est pas une tâche aisée.

Nota bene : Pour mieux comprendre comment fonctionne l'algorithme d'alignement décrit dans cet article, une application permet, de façon progressive et interactive, de trouver les alignements optimaux de deux séquences génomiques ou protéiques.