Dans le cadre de leur activité conjointe de formation continue en bioinformatique,

l'Université Joseph Fourier, le CEA Grenoble et l'INRIA Rhône-Alpes

en partenariat avec le Pôle Rhône Alpes de Bioinformatique, plateforme RIO de la Génopôle Rhône Alpes, organisent une session de formation sur :

Analyse de séquences biologiques

du 19 mai 2008 au 23 mai 2008

volume horaire : 30 heures

Lieu

Salles d'informatique de l'UFR de Biologie, sur le Domaine Universitaire de Saint-Martin-d'Hères

Objectifs

L'objectif de cette session est de permettre d'utiliser de façon pertinente et efficace les outils fondamentaux d'analyse de séquences biologiques, dans un environnement de type Unix. Cet environnement présente l'avantage déterminant d'offrir des primitives puissantes de manipulation de fichiers et de permettre la programmation simple d'enchaînements de méthodes (sous la forme de scripts).

Programme

La formation se déroule sur 5 jours, du lundi au vendredi. Les matinées (3 heures) sont consacrées aux cours, les après-midis aux travaux pratiques sur les postes de travail informatiques.

Le « fil rouge » de ces travaux pratiques est la génomique comparative, plus précisément l'analyse de synténies entre espèces bactériennes.

Cours

 Initiation au système Unix. Les expressions régulières.

 Recherche de signaux dans les séquences d'acides nucléiques et dans les protéines. Recherche de gènes chez les bactéries.

 Alignement de séquences, notions de score, matrice de similarité, programmation dynamique.

 Recherche de similarités locales : les heuristiques Blast et Fasta. Présentation des banques et bases de données biologiques.

 Recherche de gènes chez les eucaryotes : approches ab initio et par similarité de séquences.

Travaux pratiques

TP 1- Application des concepts Unix à la manipulation des fichiers de séquences.

TP 2, 3 et 4 - Génomique comparative - analyse de la synténie entre espèces bactériennes
 Premier jour : identification des gènes.
 Deuxième jour : recherche des groupes de gènes homologues.
 Troisième jour : mise en évidence des synténies.

TP 5 - Atelier/discussion autour des problématiques des auditeurs.

Public concerné

Ingénieurs et chercheurs amenés, au sein des laboratoires publics et des entreprises, à gérer et à analyser des séquences génomiques ou protéiques. Aucune connaissance en informatique n'est requise pour suivre cette formation qui s'adresse à un public de biologistes.

Auditeurs d'une institution de recherche publique : 800 €

Autres auditeurs : 1300 €

Les renseignements et les inscriptions sont gérés par Eric Coissac.