La d�marche qui reste la plus utilis�e utilise le fait que les processus �volutifs sont diff�rents en fonction de la nature de la s�quence. La caract�risation quantitative et qualitative de la similarit� entre deux s�quences homologues donne ainsi de bons arguments quant � la nature de l'information g�n�tique que portent ces s�quences. Les m�thodes permettant de tirer parti de cette situation sont tr�s vari�es. Dans la partie � R�sultats nouveaux � pourront �tre trouv�s des exemples tr�s fortement algorithmiques ou, au contraire, utilisant une mod�lisation complexe mais moins facilement math�matisable de la r�alit� biologique. Des mod�lisations probabilistes, tr�s en vue dans ce domaine (processus de type markovien par exemple), commencent � se d�velopper au sein du projet, en particulier au travers de collaborations avec le projet IS2 (Rh�ne-Alpes).

Les approches fonctionnelles et relationnelles donnent encore plus de place � la mod�lisation, y compris de connaissances, dont l'utilisation demande une expertise � manuelle �. Helix s'attache particuli�rement dans ce cadre au monde bact�rien avec le d�veloppement du projet GEB (GenoExpertBacteria, ex projet Panoramix) qui se concentre actuellement autour des trois probl�matiques suivantes :

 Mod�lisation des �l�ments g�n�tiques (g�nes, signaux, op�rons,�) ;

 Mod�lisation des prot�ines (mod�lisation des modifications post-traductionnelles et des assemblages mol�culaires) ;

 Mod�lisation du m�tabolisme interm�diaire (mod�lisation statique des acteurs mol�culaires intervenant dans ce processus cellulaire).

Le niveau relationnel met �galement en �uvre des aspects plus algorithmiques (en particulier sur les graphes repr�sentant les r�seaux m�taboliques) dont on trouvera des exemples dans la partie � r�sultats nouveaux �.